ส่วนราชการของสำนักงานรัฐมนตรี กระทรวงสาธารณสุข มีอำนาจหน้าที่ดังต่อไปนี้

1. งานบริหารทั่วไป : มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับงานเลขานุการและงานการประชุมของรัฐมนตรี งานบริหารทั่วไป และช่วยอำนวยการของสำนักงานรัฐมนตรี ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือได้รับมอบหมาย
2. กลุ่มงานประสานการเมือง : มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการประสานนโยบายระหว่างกระทรวง และประสานกับรัฐสภาตามที่รัฐมนตรีมอบหมาย การประชาสัมพันธ์ ชี้แจงทำความเข้าใจ และให้ข้อมูลแก่สื่อมวลชน รับเรื่องราวร้องทุกข์ของประชาชน และงานรับข้อร้องเรียนหรือร้องขอความช่วยเหลือต่อรัฐมนตรี ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
3. กลุ่มงานสนับสนุนวิชาการ : มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับการประสานงาน วิเคราะห์ กลั่นกรอง และให้ความเห็นแก่รัฐมนตรีเกี่ยวกับการปฏิบัติภารกิจของรัฐมนตรี ศึกษาและวิเคราะห์สถานการณ์ ติดตามความเคลื่อนไหวทางการเมือง และรายงานเพื่อการวินิจฉัยสั่งการของรัฐมนตรี ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

งานบริหารทั่วไป มีอำนาจหน้าที่ความรับผิดชอบเกี่ยวกับงานเลขานุการ และงานการประชุมของรัฐมนตรี งานบริหารทั่วไป และช่วยอำนวยการของสำนักงานรัฐมนตรี ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย